Posta all’incrocio tra l’antica via diretta alla Saccisica con quella che portava ad Altino e Aquileia, questa chiesa dedicata alla santa martire Sofia è una delle più antiche e suggestive di Padova. Non sarà stata fondata da san Prosdocimo, come vorrebbe la tradizione, e chissà se qui sorgeva davvero un tempio romano dedicato ad Apollo o a Giunone, certo è che il nucleo centrale è anteriore al 1106, quando è documentato l’inizio dei lavori dell’abside.

Fu una gestazione tormentata, questa di Santa Sofia. In un primo momento si concepì il grandioso emiciclo absidale, un unicum nell’architettura medievale, che si impone all’esterno con l’austera sequenza dei suoi tre piani e all’interno con la ritmica serie di alte nicchie semicircolari, motivi architettonici tipici dell’area lagunare veneta.

Già nel XII secolo la chiesa assunse l’impianto attuale, quando si impostarono le tre navate che si raccordano, con un’abside di minor raggio e un complesso sistema di volte, all’emiciclo preesistente, e con una copertura a capriate lignee che alla fine del XIV secolo venne nascosta dalle attuali volte a crociera.

Unica delle chiese altomedievali a conservare integre le originarie strutture, con il suo interno semplice, la sua severa bellezza, le pareti scandite dai mattoni a vista, Santa Sofia sprigiona un fascino antico e sottile, che evoca una forte spiritualità.

I pochi affreschi rimasti testimoniano una presenza importante della Madonna. Una bella immagine della Madonna con il bambino, detta Eleusa per il suo atteggiamento affettuoso, si trova nella prima nicchia di sinistra dell’emiciclo absidale. Il dipinto, di tipologia bizantineggiante, viene datato verso la fine del Duecento ed è messo in relazione stilistica con l’Epistolario della Cattedrale miniato da Giovanni da Gaibana nel 1259.

Nella lunetta dell’abside si trova una Madonna in trono con il bambino e due sante, databile entro il terzo decennio del Trecento, opera di un artista seguace della corrente giottesca padovana.

Infine su un pilastro, il terzo a destra, si trovano i frammenti di un altro affresco raffigurante una Madonna con bambino datata fra il XIII e il XIV secolo.

Preziosa è la Pietà, nella sua classica compostezza, scolpita e dipinta da Egidio di Wiener Neustadt negli anni 1429-30 e ora conservata in una nicchia sopra il primo altare della navata sinistra.

Il primo altare della navata destra, infine, contiene reliquie della beata Beatrice d’Este, il cui corpo, traslato nel 1578 dal monte Gemola, rimase in questa chiesa fino al 1957. Nello stesso altare si conservano le reliquie anche di Elena Enselmini, clarissa discepola di sant’Antonio da Padova.